Здавна митна справа є одним із найважливіших чинників державності, яскравим свідченням влади та економічного суверенітету кожної країни. Підвалини організації митної справи в Україні були закладені Законом України «Про митну справу в Україні», прийнятим Верховною Радою України 25 червня 1991 року. Саме цього дня митники щороку святкують День митної служби України.

Державну митну систему України було створено на базі інфраструктури митних органів колишнього СРСР на території України. У спадок було отримано 25 митниць, 49 митних постів. Функціонувало 29 автомобільних пунктів пропуску, 14 залізничних, 4 авіаційних та 17 морських і річкових пунктів пропуску. Протягом 1992 - 1993 років створено розгалужену систему митних органів по всій території України, визначено зони діяльності митниць та спеціалізованих митних організацій, запроваджено митний контроль по всьому периметру кордону.

4 лютого 1993 року розпочала свою діяльність Житомирська митниця. Їй підпорядковувалися митні пости «Бердичів» та «Новоград - Волинський». 20 грудня 1996 року до складу Житомирської митниці ввійшли пункти пропуску та підрозділи Овруцької митниці. Зоною діяльності митниці визначено Житомирську область та селище міського типу Вільча у зоні відчуження Чорнобильської атомної станції. З цього часу Житомирська митниця набуває статусу прикордонної. До складу митниці входять 5 митних постів та 4 пунктів пропуску.

Станом на серпень 2008 року Житомирська митниця є митницею прямого підпорядкування і має штатну чисельність 371 одиниця.